Анализ транскриптома немодельного объекта (рожь, Secale cereale) для начинающих. Семинар 3.

64 Просмотры

  • Спасибо! Поделитесь с друзьями!

    Вам не понравилось видео. Спасибо за то что поделились своим мнением!

admin
Издатель
Семинар о подготовке к получению последовательности (сиквенса) транскриптома немодельного объекта (ржи) и его анализа.
Темы третьего семинара:


1. Выбор и сравнение варианта сборки (де-ново, на референсный транскриптом, на референсный геном, с использованием близкого протеома)
2. Программы для де-ново сборки. Использующие графы деБрюина, использующие перекрытие-консенсус (OCL).
3. Графы деБрюина, проблемы при получении возможных транскриптов из графа (линеаризация графа). Пузыри, шпильки, перекрёстки.
4. Возможные ошибки при де-ново сборке. Методы их обнаружения.
5. Оценка качества сборки:
5.1 Оценка покрытия поиском количества полноразмерных белок-кодирующих участков для близких видов
5.2 Оценка с использованием программы поиска однокопийных ортологов (BUSCO)
5.3 Оценка количества транскриптов, подтверждающихся исходными прочтениями (TransRate)
6. Очистка сборки от контаминации и коротких последовательностей SeqClean
Категория
Стены
Комментарии выключены

Следующее